花垣县人民检察院始建于1955年7月1日，下设办公室，未设置其他股室。1956年元月，迁往花垣镇解放街51号。

    1967年8月，公检法被砸烂，检察院停止工作。

    1978年9月，检察院恢复重建。院内机构设置为五股一室（即刑检一、二股；经济股；法纪股；监所股；办公定）此外，还设有院党组和院检委会。院党组由5人组成，检委会由７人组成。人员编制２７人。当年调进干部6人，石维斌任副检察长。

    1979年配有干部15人，法警1人。同年9月调宁仲惠任检察长。

    1981年配有干部24人，法警1人。

    1982年先后配有干部27人。检察长1人，检察员9人，助理检察员5人，书记员3人，法警1人，未定职3人。

    时至2002年6月，经过机构改革，根据花办发（2002）15号文件通知，花垣县检察院内设机构确定为11个科室，即办公室、政工科、侦查监督科、公诉科、反贪污贿赂局、渎职犯罪侦查局、监所检察科、民事行政检察科、控告申诉科、检察技术科、监察室。人员编制由45名缩减为40名。领导职数确定为：检察长1名，副检察长4名（含非党副检察长1名），纪检（监察）1名，政工科科长1名，反贪污贿赂局局长1名，渎职犯罪侦查局局长1名，正副（科、室、局）级职数15名。

   2002年8月，花垣县利用国债资金400万元，在县城南地段征地18亩，动工修建建筑面积为3500平方米，高7层、总投资为780万元的技侦大楼。2003年9月30日，工程全部竣工验收合格，同年10月中旬迁入新址办公。

   2018年初，花垣县人民检察院办案和专业技术用房投入使用。现有内设机构5个，即办公室、政治部(司法警察大队)、第一检察部、第二检察部、第三检察部。

   近几年来，该院大力加强检察队伍建设，推动检察工作不断向前发展。相继获得了“五好检察院”、“四星级文明单位”、“建整扶贫先进单位”“三个代表学教活动先进单位”和“政法工作先进单位”等一系列荣誉称号。